Vulcani, incendi, fenomeni atmosferici e aerosol marini sono altre fonti primarie di composti naturali organo clorurati.

Tali composti sono indispensabili per l’espletamento delle funzioni vitali e dei processi di trasformazione degli organismi viventi. Composti organici del cloro sono infatti prodotti (biosintetizzati) da un vasto numero di organismi animali e vegetali, sia terrestri che marini, come batteri e microrganismi del suolo, vermi, spugne, coralli, alghe, meduse, funghi, licheni, piante superiori, insetti fino ai mammiferi.

Come tutti gli altri elementi, il cloro con i suoi composti di origine naturale (organica e inorganica), contribuisce al complesso equilibrio che regola la vita del pianeta. E anche effetti apparentemente indesiderati come la formazione di composti considerati inquinanti, giocano al contrario un ruolo necessario alla sopravvivenza di molte specie.

Ne sono un esempio le tossine clorurate prodotte da alcuni anfibi tropicali come meccanismo di difesa ed utilizzate da secoli dagli indios come veleno per le frecce delle cerbottane.

Ancora, la sintesi del cloro rientra in molti processi naturali di assorbimento e decomposizione. La demolizione del legno da parte dei miceti e dei funghi rende necessario l'impiego di organocloro, che produce una certa quantità di residui clorurati, principalmente clorofenoli, che sono a loro volta trasformati in diossine dal perossido di idrogeno prodotto naturalmente da molti batteri.

A livello globale, la produzione di composti organici naturali a base di cloro è molto maggiore di quella originata dai processi industriali. In natura esistono numerosi meccanismi naturali di controllo e degradazione dei composti clorurati, dalla biodegradazione, alla fotolisi, all’idrolisi.

È su questi meccanismi che si sta concentrando attualmente la ricerca per capire se e come applicare sistemi derivati da questi per il controllo ambientale dei composti clorurati, tanto di origine naturale che industriale.